為了防止各地政府濫發地方債券，日本地方公債的發行實行審批制。日本《地方自治法》第250條規定：“發行地方債以及變更發債、償債方法和調整利率時，必須日本公債經自治大臣或者都道知府知事批準。”地方政府申請發行公債，首先要決定許可預定額，在許可預定額范圍內，經地方公共團體議會的決議手續，才能正式申請借款許可，最后作出正式的許可。日本公債具體程序：地方政府要求發行債券時，首先要經地方議會的表決；要事先向自治省申報，提出所要發展的建設項目、資金來源和需要發行債券的額度。自治省審查后，將各地的發債計劃進行匯總，并同大藏省協商，而后由自治省統一下達分地區的發債額度。如果發行公募債券，在得到地方議會及自治大臣的認可后，由大藏省、自治省、受托銀行以及證券公司召開會議，日本公債決定每月發行總額及各地方的發行額。各地方政府公債的發行必須向自治省上報計劃，并經自治大臣批準。自治大臣批準時，要與大藏大臣協議，聽取大藏大臣的意見，所以稱為協議審批制度。日本公債自治大臣與大藏大臣審批地方政府借債的重點是當年不批準發債的地方政府或限制發債的地方政府的名單，確定的依據一般有：一是對于不按時償還地方債本金或發現以前通過明顯不符事實的申請獲準發債的地方政府，不批準發債；二是公債費比重在20%以上的地方政府不批準發行福利設施建設事業地方債，比重在30%以上的地方政府不批準一般事業債；三是對當年地方稅的征稅率不足90%或賽馬收入較多的地方政府發債也進行限制；四是嚴格限制財政赤字的地方政府和赤字公營企業發債等。

每年在編制國家預算及決定財政投融資計劃等的同時，由大藏省與自治省共同協商確定地方政府債券計劃，日本公債作為對公共團體準予發行地方政府債券的調配資金的根據。地方政府債券計劃是對當年度的全國地方政府債券發行總額的估算，是按地方所要進行的各事業逐項審定的，同時日本公債要確定認購地方政府債券的對象。通過地方財政計劃、財政投融資計劃和地方政府債券計劃來控制地方政府債券規模，控制地方財政規模。為了控制地方政府的資金需求，避免過濫發債，中央對于各地發行債券的用途逐項審查，看其是否合乎法律規定。對于有赤字的政府舉債要求必須符合法律規定，并拿出財政重建計劃，否則不予考慮。同時還限制一些拖欠支付地方政府債券本利，不積極組織收入和合理安排財政支出，或連續3年地方政府債券費用開支占普通會計支出比重在20%以上的地方政府和因經營不善而出現嚴重虧損的公營企業，不得發行地方政府債券。

日本實行審批制度的目的在于：一是防止地方公債的膨脹，確保各地方財政的穩健運行；二是防止資金過分向富裕地方政府傾斜，確保合理的資金分配；三是統一協調中央、地方政府及民間資金的供求關系。按照規定，地方公共團體不能隨便發行地方公債，地方公債根據公債發行審批制度進行。擁有地方公債發行審批權力的是總務大臣（原來為自治省，現與之有關機構變更為總務省）或都道府縣知事。債券發行要經過中央政府有關部門嚴格審批，發行數額和發行條件由監管部門制定和執行。從2006財年起，基于分權化改革，日本將嚴格的審批制轉變為協商制。地方政府在一定條件下可直接舉債，但報請總務省審批的地方政府可以獲得兩項優惠：一是總務省在計算對地方政府的轉移支付時考慮償債因素；二是中央政府為滿足條件的地方政府提供優惠借款。受此激勵，地方政府大多選擇經中央政府批準后再舉債，實際上總務省對地方政府債務的監管力度并未減弱。這一機制給予了地方政府舉債更多的選擇權，同時通過中央政府的激勵約束，強化了地方政府的責任。

此外，日本還具有嚴格的審計監督制度。在日本，地方公債的發行、流通、償還以及資金使用，都要受到專門審計機構的審計監督。日本審計機構主要由國家會計檢察院和地方監察委員會構成。會計檢察院是日本的最高審計機關，屬于國家行政序列，但獨立于內閣，不受政府干涉，負責對中央收支決算及法律上規定的會計事項進行審計監督；地方監察委員會負責對地方政府財政收支及行政行為進行審計監督，對每一審計對象，監察委員會分別出具一份審計報告，直接提交給議會或委托審計的政府部門。對于審計中發現的問題，監察委員會通常不會直接作出處理，而是提出改進措施或意見，建議管理部門實施處罰。實際上，監察委員會所提建議一般很受重視。總之，日本通過建立地方公債制度，一方面充實了地方財源，加快了地方經濟和公益事業發展，在提高公共服務水平、滿足民眾生活需求方面發揮了重要作用；另一方面，通過法律制約和中央政府的嚴格管理，在防止地方公債膨脹和加強中央對地方財政的指導等方面也發揮著重要作用。